小型船舶操縦士の国家資格制度(免許制度)は、1951年(昭和26年)に船舶職員法として制定されました。
当時の対象となる船舶は、20トン未満の漁船の乗組員で、5トン未満の船舶については、対象となっていませんでした。当時の資格試験は、国が直接実施する国家試験で1年以上の乗船履歴を持ち、身体検査と学科試験によって交付されていました。
しかし、5トン未満の船舶については、無資格で操縦することができましたので、操縦者の無知、無謀な操縦による事故が相次ぎ社会問題に発展しました。国は、それを受け1957年(昭和32年)に総トン数5トン未満の小型船舶に対し旅客などの特定の目的に船舶を運行する場合に限り免許を持つ者が乗り込むように法が改定されました。
この後、FRPによるボートが開発され小型ボートが急激に復旧しそれに伴って無資格者による事故も急増しました。その為、国では、試験制度を改定し、1965年(昭和40年)に受験資格の乗船履歴を3ヶ月以上に軽減し実技試験を盛り込むようになりました。
もともと「船舶職員法」の名の通り、船舶免許は、船舶を使う職業従事者を対象にした法律であり、趣味やレジャーを目的として船舶を利用する人々の資格として無理がありました。その為、1974年(昭和49年)に船舶職員法が抜本的に改定され、大型船と小型船の免許が明確に分けられ、免許制度を5トン未満の船舶にも適用し、1~4級免許階級を制定しました。(この法改正以前に取得した小型船舶操縦士の免許は、その後の10年間で一級小型船舶操縦士の免許と引き換えることとし、引換期間終了後は無効とすることになっています)20トン未満の小型船舶は、他の職業船と異なる船舶として区別され今の免許制度の基本になっています。
そして、1999年(平成11年)に5級が新たに小型船舶免許に追加。更に、2003年(平成15年)には「船舶職員法」が大幅に見直され、1級(外洋)、2級(沿海)、特殊(水上オートバイ)の三つの区分になりました。
この法改定では、特に水上オートバイの事故を抑制するための法改正であり、一般の小型船舶とは区分けされた「特殊小型船舶」は、水上オートバイに乗る者が、他の種別の船舶免許とは別に資格を必要とし、水上オートバイに特化した免許になっています。
このように船舶免許は、ボートや水上オートバイの増加に伴って発生する事故を防ぐために改定を繰り返しています。